Miljøvariabler er variabler som brukes for å beskrive de lokale forholdene som artene lever under. De utgjør de minste byggesteinene i NiN-systemet, og er selve grunnlaget for å dele naturen inn i typer.

Det er i alt 57 miljøvariabler som benyttes inn i typesystemet. Disse har fått navnet Lokale komplekse miljøvariabler (LKM) og er definert som "Variabler som hver består av flere enkeltmiljøvariabler som samvarierer i mer eller mindre sterk grad, og som gir opphav til variasjon i artssammensetning på relativt fin romlig skala og som har en virkning som vedvarer over relativt lang tid - typisk mer enn 100(–200) år» . De miljøvariablene som ikke er med på å bestemme graden av variasjon i artssammensetningen, men som likevel er med på å beskrive den variasjonen som man finner i naturen, har fått plass i et beskrivelsessystem Beskrivelsessystemet .

Ett eksempel på en LKM er sandstabiliseringsgradienten. Denne LKM-en oppstår i det vind blåser over sanddynene nær stranda og tar med seg sand innover land og danner variasjon gjennom sanddynesystemet fra sanddynemark via dynheia og til sandskogsmarka. Dette er en kompleks miljøvariabel fordi det her handler om mange ting som varierer sammen. Den inkluderer at sand blåser inn over land, hvordan denne sanden stabiliserer seg og hvordan næringsstoffene i den stabiliserte sanden gradvis endrer seg og påvirker pH i overflatesanden, innholdet av organisk materialet (utvikling av jordsmonn) og jordfuktighet (evnen til å holde på fuktighet). Derfor blir denne miljøvariabelen ganske kompleks.

For en naturtype vil det være noen få, typisk 1 – 3, LKM-er som samvarierer og bidrar til å forklare det meste av den variasjonen man finner i artssammensetningen som lar seg forklare med miljøvariabler. Hver art har begrenset toleranse overfor en miljøvariabel, og forekommer derfor innenfor et begrenset intervall langs hver av disse LKMene.