Hver naturtyper vurderes mot fem ulike kriterier. På bakgrunn av vurderingen klassifiseres naturtypen i en av følgende kategorier: datamangel, intakt, nær truet, sårbar, sterkt truet, kritisk truet og gått tapt.

Arbeidet baserer seg på fem kriterier får å vurderer riskikoen for at en naturtype skal gå tapt:

  • reduksjon i totalarealet  (A-kriteriet)
  • begrenset geografisk utbredelse (B-kriteriet) 
  • abiotisk forringelse (C-kriteriet)
  • biotisk forringelse (D-kriteriet)
  • kvantitativ risikoanalyse (E-kriteriet)

Rødlistevurderinger er i utgangspunktet basert på kvantitative metoder. Det vil si endringer naturtypers areal eller forringelelse tallfestete og vurderes mot alllekriteriene. Imidlertid finnes tilstrekkelig kvantitativ informasjon bare for et fåtall naturtyper for hele perioden naturtypene vurderes innenfor. I disse tilfellene må ekspertene bruke flere kilder med relevant informasjon for å få et tilstrekkelig vurderingsgrunnlag.

Vurderingene blir gjort ut i fra naturtypens utvikling i en 50-års periode, enten siste 50 år, 50 år frem i tid, eller hvilken som helst 50-årsperiode som krysser 2018.