Flekkmoseordenen har udifferensiert kompakt thallus, thalluskanten er bølget eller med innskjæringer. Den fortykkede midtre delen av thallus, midtribben, har sentralstreng.

På undersiden av thallus er det to rader med skjell, og rhizoider. Arter i denne gruppen lever sammen med blågrønnbakterier i gruppen Nostoc, disse vokser i kolonier og kan ses som mørke flekker på thallus. Sporehuset sitter på en lang stilk. Grokorn forekommer hos alle arter.