Svartnålordenen har hulrom i thallus hvor det dannes slim, dette slimet kommer til overflaten gjennom porer i thallus, og en tror slimet fungerer som en felle for blågrønnbakterier.

Kloroplastene har eller mangler pyrenoider, pyrenoider mangler hos alle andre landplanter, men er vanlig hos grønnalger. Pyrenoidene finnes i kloroplastene og deres funksjon er å fiksere karbondioksid som brukes i fotosyntesen. De produserer mange (opp til 60) antheridier per kammer. Sporehusene har spalteåpninger (stomata) og sporene er grå eller mørkt brune til svartaktige.