Omfatter «variasjon i makroklimatiske og/eller andre miljøforhold som gir opphav til mønstre på grov romlig skala (karakteristisk skala for variasjon typisk > 1 km)», og svarer direkte til «regionale økokliner» i NiN versjon 1.

Med små endringer er klasse/trinninndelingen av regional miljøvariasjon i NiN versjon 1 videreført i NiN versjon 2. Et unntak er variabelen "marine vannmassetyper" som inngår som en "regional økoklin" i NiN versjon 1, men som i NiN versjon 2 kommer til uttrykk som en lokale kompleks miljøvariabel, dybderelatert miljøstabilisering (DM). Historisk betingete biogeografiske mønstre, som er diskutert som mulig regional naturvariasjon i NiN versjon 1, er i NiN versjon 2.1 tentativt inkludert som variabel innenfor denne kilden til variasjon.